Среди прекрасных тропических морских стихий, в районе Большого барьерного рифа в уединении живет рыба-клоун по имени Марлин. Он растит своего единственного сыночка Немо. Океан и существующие в нем опасности очень страшат Марлина, и он как может ограждает сына от них, но молодой Немо, страдающий излишним любопытством, очень хочет разузнать побольше о таинственном рифе, рядом с которым они живут.
Когда Немо по иронии судьбы оказывается вдалеке от дома, и из-за своей неосторожности попадает в руки человека, Марлин отправляется на поиски сына…